スカイマークは、台風6号による運航への影響が予測されるため、航空券の特別対応を実施する。5月29日午後6時50分現在、特別対応を実施するのは、6月1日から2日正午にかけて沖縄/那覇・下地島を発着する便。対象便の航空券は実際の運航状況に関わらず、空席のある便への追加料金なしでの変更、または全額の払い戻しを受け付ける。