「Kaiju」(カイジュウ)と呼ばれるモンスターたちが海から地上に侵略を開始しはじめたときから始まった何年にもわたる戦いはついに超巨大怪獣の襲撃を受け、人類側にとって最大の試練の時を迎えることに。この未曾有の超巨大怪獣に立ち向かうため、人類は搭乗している二人の人間の精神を接続することで操作する「イエーガー」と呼ばれる超巨大人型ロボを建造、しかし超巨大怪獣の前にはひとたまりもなく、ついに人類は敗北寸前にま