横浜FM、齋藤学との契約更新を発表！ 背番号は「10」に変更
横浜FMは2017シーズンを前に、元日本代表MF中村俊輔がジュビロ磐田へ、GK榎本哲也が浦和レッズへ、MF兵藤慎剛が北海道コンサドーレ札幌へ完全移籍で加入することが決定。契約満了が決まっていたDF小林祐三もサガン鳥栖へ移籍するなど、多くの選手たちがクラブを離れた。齋藤については、1月15日に行われた新体制発表会終了時点で、2016シーズンの登録選手（2種登録を除く）において契約更新や他クラブへの移籍が発表されていない唯一の選手となっていた。同クラブは1月31日から宮崎キャンプを実施中で、齋藤も参加している。
そして2014年、出場機会は得られなかったものの、ブラジル・ワールドカップの日本代表メンバーに選出。2016年にはヴァイッド・ハリルホジッチ監督就任後初めて、代表に招集された。2016シーズンは明治安田生命J1リーグで33試合出場10ゴール、ヤマザキナビスコカップ（現・JリーグYBCルヴァンカップ）で4試合出場1ゴール、天皇杯で4試合出場1ゴールを記録。リーグ戦で自身初となる二桁ゴールを記録し、初めてベストイレブンに選出された。
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