指定席は、座席が決まっているからこそ、移動中も落ち着いて過ごせる空間として利用する人が多い。しかし、荷物の置き方や座席の使い方をめぐるトラブルに悩まされるケースもある。日本民営鉄道協会が実施した「2025年度駅と電車内の迷惑行為ランキング」（2025年10月1日～11月30日にウェブ上で実施、5202人が回答）では、「荷物のもち方・置き方」が20.1％で7位にランクイン。