日本航空（JAL）グループは、台風6号の接近による悪天候が見込まれるため、航空券の特別対応を実施する。6月1日午後2時現在、特別対応を実施するのは、5月31日から6月3日にかけて喜界島・奄美大島・徳之島・沖永良部、5月31日から6月2日にかけて与論、6月1日から2日にかけて沖縄/那覇・北大東・南大東・久米島・宮古・多良間・石垣・与那国、6月1日から3日にかけて種子島・屋久島、6月2日に高松・熊本・宮崎・鹿児島、6月3日に東京