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那覇空港で6月3日13時24分頃、ANA機と航空自衛隊の輸送ヘリコプター、日本トランスオーシャン(以下、JTA)機が衝突する可能性もあった事故が発生し、国土交通省は同件を「重大インシデント」に認定するとともに調査を開始した。

同件は、ANAの那覇発新千歳行き1694便が離陸のため滑走路を走行していたところ、航空自衛隊のCH-47Jヘリコプターがその前方を横切り、ANA1694便は離陸を中止したものの、滑走路を離脱・解放する前にJTAの610便が着陸してしまったという。なお、離陸を中止したANA1694便の後方よりJTA610便が着陸のために滑走路へ進入していた際、管制官はJTA610便に着陸のやり直しを指示していたと報告されている。

衝突などの事故は起きていないが、同件は国土交通省において「重大インシデント」に認定され、運輸安全委員会による調査が行われている。同日に行われた大臣臨時会見で中谷元防衛相は「今後このような事案が発生しないよう、再発防止策・安全対策を講じて参ります」とコメントし、国土交通省が行う調査に全面的に協力するとしている。