舞台は2013年。世界の危機を何度も救った9人のサイボーグ戦士＜ゼロゼロナンバーサイボーグ＞たちは、その役目を終え、各々の故国に帰っていた。ところが、ロンドン、モスクワ、ベルリン、ニューヨーク、上海…大都市の超高層ビルが次々と崩壊するという、同時多発爆破事件が発生。誰の意思で計画されたかもわからない無差別テロにより、世界はパニックに。これを受け、彼らの生みの親・ギルモア博士はゼロゼロナンバーサイボーグ