林芳正・文部科学相は2018年9月21日、同省の戸谷一夫・事務次官の辞任を閣議で了承し、減給処分（10分の1、3か月）もくだしたと発表した。

戸谷氏を含む省幹部らが、汚職事件に絡む業者から不適切な接待を受けていたことが発覚し、問題視されていた。

前任の前川喜平氏も、天下り問題を受けて辞任しており、事務方トップが2人続けて不祥事で辞任することになった。