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気象庁は4月16日、2016年4月14日に発生した「平成28年熊本地震」の余震が、16日7時時点で震度1以上を観測する地震が213回(速報値)に及び、16日未明には地震の強さを表すマグニチュード(M)で本震の6.5を超すM7.3を午前1時25分に観測するなど、震度6超の地震を3回観測。このM7.3の地震が本震である可能性があるとしているほか、熊本県から大分県にかけて地震活動が活発化しており、揺れの強かった地域では、家屋の倒壊や土砂災害などの危険性が高まっているため、今後の地震活動や降雨の状況に対する注意を促している。

これまでの地震は「布田川断層帯・日奈久断層帯」で生じていたが、16日3時ころには新たに同断層の近くにある「別府-万年山断層帯」付近でM5.8の地震を2度観測(16日午前3時3分に震度5強。16日午前3時55分に震度6強)。こちらの地震のメカニズムについて気象庁は、布田川断層帯・日奈久断層帯の地震と同じ南北方向に張力軸を持つ横ずれ断層型であるとの見方を示している(速報段階)。

また気象庁では、午前8時30分ころに阿蘇山の中岳第一火口にて極小規模な噴火を観測したが、この噴火と地震との関係は現時点では不明としている

なお、熊本県の16日の天候は低気圧や寒冷前線の接近により、次第に曇りとなり、夜から雨となる予報で、地域によっては強風が吹く恐れなどもあり、今後の余震と併せて被害が拡大する可能性があり、十分注意してもらいたいと気象庁では呼びかけを行っている。