全国的にインフルエンザの流行が遅れていたが、2016年1月13日、東京都で流行が始まったことがわかった。都がまとめた4日から10日までの週の患者報告(速報値)で流行開始の目安を超えた。

流行開始の目安を上回ったのは昨シーズンより1か月ほど遅く、過去10シーズンで3番目に遅い。都は、手洗いや適度な室内の加湿・換気といった感染予防を求めている。